南京的本科军校及其优势学科专业如下：
中国人民解放军理工大学
优势专业：信息工程、电子工程、土木工程、机械工程及其自动化、国防工程指挥、道路桥梁与渡河工程、伪装工程。
解放军国际关系学院
优势专业：军事联络、国际调研、边防情报、国防外事。
南京政治学院
优势专业：军事、教育学、中文、外语、自然科学、计算机。
南京陆军指挥学院
优势专业：合同战术、作战指挥、军队政工、人武指挥、军事训练与作战仿真。
中国人民解放军陆军工程大学
优势专业：通信工程、指挥信息系统工程、机械工程、土木工程、武器系统与工程、雷达工程、导弹工程、无人系统工程等。
海军指挥学院
优势专业：海军战役指挥、海军合同战术指挥、海军师团政治工作、海军航空兵战术指挥等。
这些军校涵盖了信息工程、电子工程、土木工程、机械工程、国防工程、军事学、教育学、中文、外语、自然科学、计算机、通信工程、指挥信息系统工程、武器系统与工程、雷达工程、导弹工程、无人系统工程、海军战役指挥、海军合同战术指挥、海军师团政治工作、海军航空兵战术指挥等多个领域，为军队培养了大量的专业人才。