番禺区拥有众多高等教育机构，以下是一些位于该区的主要大学：
华南理工大学
中山大学
华南师范大学
广东工业大学
广州医科大学
广州中医药大学
广东外语外贸大学
广州大学
星海音乐学院
广州美术学院
暨南大学
广东药学院
广州番禺职业技术学院
广东女子职业技术学院
广东文艺职业学院
广州科技贸易职业学院
广东工业大学（商学院）
南方医科大学顺德校区（距离番禺较近）
广州大学华立学院
这些大学中，有些是本科院校，如华南理工大学、中山大学等，有些则是专科院校，如广州番禺职业技术学院、广东女子职业技术学院等。此外，还有独立学院，如广州大学华立学院。这些学校为番禺区提供了丰富的高等教育资源。