学校扣学费的方式通常有以下几种：
银行代扣：
学生将学费存入学校指定的银行账户，学校通过银行系统自动从学生账户中扣除学费。
网上支付：
学生登录学校指定的网上支付平台，按照提示完成支付。
现场缴费：
学生携带学费到学校财务部门进行现金或刷卡支付。
自动转账：
学校登记学生上报的卡号，到银行办理代扣协议扣款。
学费卡代扣：
一些学校会在学生入学时提供一张学费卡，如果卡中余额足够，开学时学费会自动从卡中扣除。
预授权扣款：
有些学校在招生时提供一张卡，如果开学前半个月卡中余额大于学费，会自动扣除。
分期付款：
学生可以与学校协商签订协议，按照约定的时间和金额分期交付学费。
生源地或校园地贷款支付：
学生如果办理了国家助学贷款，可以在报到当天通过“绿色通道”提交贷款凭条，学校会扣除超出贷款部分的金额。
现金或银联卡缴费：
学生可以带现金或银联卡到财务处刷卡，之后会获得收费单子。
自助服务缴费：
类似于ATM机，学生可以通过刷卡缴费，之后约一个星期到相关院系学生办公室换取收费条。
刷POS扣款到对公账户上：
这种方式较为少见，但确实存在。
通过其它的工具转账到账户上：
这种方式也较为少见，但也是可能的。
建议
提前了解：学生应在入学时或开学前详细了解学校的缴费方式和时间，确保按时缴费。
确认账户：确保将学费存入学校指定的银行账户，并核实账户信息无误。
保留凭证：缴费后务必保留好相关凭证，以便日后查询和核对。
关注通知：关注学校财务处发布的缴费通知，以免错过缴费时间或方式。
如有疑问或遇到多扣费的情况，应及时与学校财务部门或相关部门联系，甚至可以向教育局反映问题。