综合排名
前三名：北京大学、清华大学、复旦大学。
前100强排名
前10名：北京大学（连续9年蝉联第1位）、清华大学（第2位）、复旦大学（第3位）、武汉大学（第4位）、浙江大学（第5位）、中国人民大学（第6位）、上海交通大学（第7位）、南京大学（第8位）、国防科学技术大学（第9位）、中山大学（第10位）。
学科门类排名
工学一流学科：清华大学排名第一。
法学一流学科：中国人民大学排名第一。
教育学一流学科：北京体育大学排名第一。
理学一流学科：中国科学院大学排名第一。
历史学一流学科：北京大学排名第一。
这些排名展示了2016年中国高校在不同学科领域的综合实力和领先地位。北京大学和清华大学在多个排名中均位居前列，显示出它们在中国高等教育中的核心地位。其他高校如复旦大学、武汉大学、浙江大学等也在各自的学科领域中表现出色。