军校招生时，男生和女生都可以选择专业。具体来说，军校专业主要分为指挥类专业、非指挥类专业以及“合训分流”专业。学生在入学时即确定了专业定位和岗位范围，但也会存在一些特殊情况，如学校对专业的调整或专业细分方向的重组。

对于理科生来说，物理是必选学科，其次是化学和生物。报考军校时，男生和女生可以根据自己的兴趣、特长以及未来的职业规划来选择专业。例如，国防科技大学提供多个专业，包括小语种专业、作战指挥、汉语言文学、公共事业管理、法学、侦查情报等。

需要注意的是，虽然政策上允许女生报考军校，但并不是所有专业都对女生开放。女生可以报考的专业主要集中在语言类、财务管理等，如国防科技大学、陆军工程大学、陆军军医大学等。一些传统作战力量专业和后勤保障类专业的招生计划数量大幅压减，且这些专业通常不招收女生。

综上所述，军校招生时男女生都可以选择专业，但具体选择会受到个人兴趣、特长、选科要求以及院校专业设置等因素的影响。建议考生在报考军校时，仔细了解各专业的设置和招生要求，选择最适合自己的专业方向。