种子加工工程专业主要学习以下课程：
基础课程
植物学
植物生理学
植物生产学
普通遗传学
基础生物化学
植物保护学
种子生物学
专业核心课程
种子加工与贮藏
种子检验
种子生产学
种子经营管理学
种子贮藏加工学
农业机械化
土壤与植物营养
种质资源学
选修课程 （可能根据学校不同而有所变化）：
细胞工程
基因工程
生物信息学
基础蛋白质组学
农业信息化技术
作物病虫草害绿色防治技术
种子质量检测技术
种子市场营销
实践性教学环节
课程设计
社会实践
教学实习
科研训练
生产实习
毕业论文
该专业旨在培养具备种子科学与工程技术等方面的基本理论和基本技能，能在种子科学与工程技术的相关部门或单位从事教学与科研、技术与设计、推广与开发、经营与管理等方面工作的复合型人才。