南疆单列计划旨在支持新疆地区特别是南疆地区的高等教育发展，以下是一些实行南疆单列政策的大学：
新疆大学
石河子大学
新疆农业大学
塔里木大学
新疆医科大学
喀什大学
伊犁师范大学
新疆财经大学
天津城建大学
江西科技学院
新疆工程学院
昌吉学院
兰州交通大学
甘肃农业大学
甘肃中医药大学
西北师范大学
西北民族大学
宁夏师范学院
铁门关职业技术学院
新疆农业大学科学技术学院
和田师范专科学校
阿克苏职业技术学院
克州职业技术学院
巴音郭楞职业技术学院
哈密职业技术学院
和田职业技术学院
喀什职业技术学院
阿克苏职业技术学院科尔沁分院
此外，虽然上海大学位于上海，但因其历史背景和特殊定位，也被纳入南疆单列高校范畴。
这些大学在招生、资金分配等方面可能会得到国家的特别支持，为南疆地区的考生提供了更多的教育机会。